Згідно з повідомленням прес-служби міністерства, начальником морського порту є керівник адміністрації відповідного морського порту.
Відповідно до прийнятих відомством наказів від 16 липня 2013 року, призначено начальники таких морських портів:
Бердянського – В’ячеслав Рєзников;
Білгород-Дністровського - Олексій Хайменов;
Євпаторійського - Євген П’ятачов;
Ізмаїльського - Микола Ільїн;
Іллічівського - Олексій Кошелев;
Керченського - Олексій Шацьких;
Маріупольського - Олексій Росинський;
Миколаївського - Василь Іванчук;
Одеського - Михайло Соколов;
спеціалізованого морського порту «Октябрьск» - Андрій Єгоров;
Ренійського - Сергій Строя;
Севастопольського - Сергій Тараканов;
Скадовського - Олег Проточенко;
Усть-Дунайського - Володимир Коровін;
Феодосійського - Анатолій Мазило;
Херсонського - Сергій Ігнатенко;
порту «Южний» - Максим Широков;
Ялтинського - Олександр Котовський.
Як повідомляв УНІАН, Кабінет міністрів України ухвалив рішення про реорганізацію державних підприємств морського транспорту і створення державного підприємства "Адміністрація морських портів України" (АМПУ). АМПУ була створена 14 червня 2013 року.
Створення Адміністрації морських портів України передбачене Законом «Про морські порти України», підписаному Президентом 8 червня 2012 року.
Міністерство інфраструктури України затвердило керівний склад АМПУ і його 19 філіалів, призначивши виконуючих обов'язки начальників філіалів.
Начальником АМПУ призначено колишнього начальника Одеського морського торгового порту Юрія Васькова.